Êëîíèðîâàíèå è àíàëèç ãåíîâ ëåãêèõ öåïåé èììóíîãëîáóëèíîâ ñòåðëÿäè 
V-çîíä
âûÿâëÿë
áîëåå 20
ãèáðèäèçóþùèõñÿ
ôðàãìåíòîâ
ÄÍÊ, â òî
âðåìÿ êàê Ñ-çîíä
ãèáðèäèçîâàëñÿ
òîëüêî ñ 3-4
ôðàãìåíòàìè
(ðèñ. 13).
5'
íåòðàíñëèðóåìàÿ
îáëàñòü |>
ëèäåðíûé ïåïòèä
1
15 30 45 60 75
90
B1 . .TTCATGGCAACA
GAATCCACAACAACA ATGACTTTTATCAGC ATCTTCATCTGGGCA CTTGTCATCTGCACT CAGGAATCCAGTGGA
E4 CCC----A-------
--------------- --------------- --------------- ---------------
---------------
C2 . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
.
C2(T3) . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
.
PCR . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
|> V
ñåãìåíò FR
1 |> CDR 1
105 120 135 150 165 180
B1 CAGTATACTGTGACT
CAGACTCCAGCAGAG AAATCTGTTCTCCCA GGAGACACAGTCGCT CTCAACTGTAAAGTC AACAGCGCAGTCCTT
E4 ---------------
--------G----T- --------------- ----------. . . . . . . . . . . . . . . . . .
.
C2 . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
.
C2(T3) . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
.
PCR . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
|> FR 2 |> CDR 2
|> FR 3
195 210 225 240 255
270
B1V GGTAATACGTACCTG
CACTGGTACCAACAG AAACCTGGAGAAGCT CCCAAACTCCTGATC TATAGGGCAAGTACC
CTTGAGTCTGGGATC
E4 . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
C2 . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ---- ---C-----------
C2(T3) . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
.
PCR . . . . . . . . . .
. . . . . . . .------------ -----------A--- ---TAT----T--AG ---C-------N---
285 300 315 330 345
360
B1 CCAACTCGTTTCAGT
GGCAGTGGATCTGGG ACTGACTTCACTCTG ACCATCAGTGGAGTC CAGGCTGAAGATGAA GGAGATTACTACTGT
E4 . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
C2 --------C----C-
--------------- --------------- --------------- --------------- --------T------
C2(T3) . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
PCR ---------------
------------TT- --------------- --------------- -------------C- ---------------
|> CDR
3 |> J
ñåãìåíò |>
Ñ ñåãìåíò
375 390 405 420 435
450
B1 GTCAGTGTACACTAC
TCCAGCAGTAGATAT GTGTTGACTTTCGGG CCCGGGACCAAACTA ATTGTGAAATCTGGA AGCCCCACTGCTCCT
E4 . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
C2 CAG---TC-------
C----------C-G- -NCC-C--------A --A--------G--G G-------------- -A-------------
C2(T3) . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
PCR CAG---CAC---ACT
C---ATG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
465 480 495 510 525
540
B1 TCCTCCGTCTCCCTG
CTTCCTCCCTCCAAG CTGGAGCTCGACTCA AAGGGTAAAGCCACC CTGGTCTGCCTGGTG AATAATTTCTACCCT
E4 . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
C2 ---------------
--------------- ------------A-- -----C--------- TG------------- --------------C
C2(T3) . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . -C--------- T-------------- --------------C
PCR . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
555 570 585 600 615
630
B1 GATGTCGTGGATATC
AAGTGGACGGTGGAC GGGGTGGCCCAGTCG TCTGGTGTGCTGACC AGCACAATGAAGCAG AAGGATGGGAAATAC
E4 . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
C2 ---------------
--------------T ----C---------- --------------- --------------- -----C---------
C2(T3) ---------------
--------------T ----C---------- --------------- --------------- -----C---------
PCR . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
645 660 675 690 705
720
B1 AGTGCAAGCAGCAGC
CTGACCCTCACCAAG GCCGTGTGGAACAGC AAGGAGACATACACC TGCACTGTGAAGCAC GAGGCTGTGAGCACT
E4 . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
C2 ---------------
--------------- -A------------- --------------- --------------- ---------------
C2(T3) ---------------
--------------- -A------------- --------------- --------------- ---------------
PCR . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
|> 3'
íåòðàíñëèðóåìàÿ
îáëàñòü
735 750 765 780 792
B1 CCCAGGAGCGAGTCC
ATCAAGAGGAGCGAG TGCACACTATTAGAT GCCtaaAGG . . . . . . . . .
E4 . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
C2 --G----------T-
--------------- --------------- ---taaG-CAAGAGA ATCCGTGTGATT
C2(T3) --G----------T-
--------------- --------------- . . . . . . . . . . . . . .
PCR . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Ðèñ.
11.
Íóêëåîòèäíàÿ
ïîñëåäîâàòåëüíîñòü
ïîëíîðàçìåðíîé
êÄÍÊ êëîíà Â1
è ÷àñòè÷íàÿ
ïîñëåäîâàòåëüíîñòü
êÄÍÊ êëîíîâ
Å4 è Ñ2 è ïðîäóêòà
ÏÖÐ.
Ïîñëåäîâàòåëüíîñòü
êÄÍÊ êëîíà Ñ2 îïðåäåëÿëàñü
ñ
èñïîëüçîâàíèå
ïðàéìåðîâ V1, V2, C1
(îáîçíà÷åíèå
Ñ2) è Ò3
(îáîçíà÷åíèå
Ñ2(Ò3)). Ïðî÷åðê
îçíà÷àåò
èäåíòè÷íîñòü
â ýòîé ïîçèöèè
ñ êÄÍÊ êëîíà
Â1, FR -
êàðêàñíûå
ó÷àñòêè, CDR -
ãèïåðâàðèàáåëüíûå
ó÷àñòêè V
îáëàñòè.
A
AruIgLBV
QYTVTQTPAEKSVLPGDTVALNCKVNSAVLGNTYLHWYQQKPGEAPKLLIY*RASTLESGIPTRFSGSG**SGTDFTLTISGVQAEDEGDYYCVSV
IpuIgLVG
-V-------V--A---E--TI--RT-P-Y*-H*-----------------K*F-NQ-H----A------**--S----------T--A-----Q-Y
71%
OmyIgLV1
-I------EM-AFQT--A-T-R-RF-KPSPPC**VA-------G--Q----*Y-T--Q--T-S------**--S-------------A-----Q-Y
63%
XIaIgLVR
-VVL--S-DYV--S--E--TIT--AS-SS---**-------S-QT------*GT-NRYT-T-E------**----------RME---AA----QQY
58%
Rabbit kV IV ivm----ss---pv----ti--qasqs-ys-nr-a-f-----qp------*k----a--v-s--k---**---q------d--ca-aat---rva
57%
GciIgLVIII
-M--S-PVL--GL-Q--TIT-TASQS-YS-**-A----RE-QK-S----*A-TNRYTEVSE------**---S-----RN--P--VA----QGT
48%
HulV2
-SAL--*-ASV-GS--QSITIS-TGT-SSYNL**VS----H--K----M--*EG-KRP--VSN-----K**--NTAS--T--L-----A----C-Y
47%
HfrIgLVII
GTVL--*--SM-TSQ-K--KIT-TISGGGTYY**SS--W----S--VFVWRDYD--RG----D--T--RNT-SNVMH---TD--SR-TA-----AW
41%
XlaIgLIII -VSI--*-VSE--KL-E--RIS-TLSG-SGYH**VN-----A-NR-RY-LRFYSDSNK**HQD-----KDSPNNIGY---K-ALL--DA----ATW
35%
HfrIgLV1
VPVLN---ISDP-SA-E-SE-K-AMQNGGSYY**MS--R-R-----VFVL**YQ--SG-IYRD--KP-RDT-SNSHI---GSLEPG-SAV---AAN
31%
Á
AruIgLCB
GSPTAPSSVSLLPPSKLELDSKGKATLVCLVNNFYPDVVDIKWTVDGVAQSSG*VLTSTMKQK**DGKYSASSSLTLTKAVWNSKETYTCTVKHEAVSTPRSESIKRSECTLLDA
CplIgLCII
-RS*PT--V----SDQITA-NM-------SG-V-GAAE-E-----SVRGN-*-E--RIQ-EA*-NTF-V--Y---SASD---H-L-S-V-K-ETQAN-LQT--S--S-M
44%
HfrIgLCIII
EKSQPTLT-M---PE-VKA--T------ADH----E-GVE-KK--A-I-A-*-Q--NYLRAS*-ST--C--L---SGSD-E-NARFS-ALT-ETL-S-L-K-VS----V
42%
IpuIgLCF
G--VKP-----L--S-Q-S*E-S-S-L--LPAYS-QGALVS-----SEVKD-*----AEER-**TDG-TR--T---S--L-EKG-EFV-K-S-DN-DH-VT**FRK-Q-EV
41%
Hu kappa
TV-AP-VFIF---*D-QLKS-T-SV---L-----REAKVQ-K--NAL--GN*SQE-VTE-DSK-ST--L--T---S--DYEKHKV-A-E-T-QGL-S-VTK-FN-G--
39%
XlaIgLC3
GDVK--*---YF---*V-EIATK---V--SLSD-T-RGATVK-L---KD-TDS*-QS-GLSKQS*-NL-ME--Y-S--ADQ-LRH---S-K-S-Q**GKEIIQTL-----V
38%
Hu lambda1 Q-K-NPT-T-F---*S-ELQAN-------ISD---GA-TVA-KA--SPVKA-*-E-TKPSKQS*NN--A---Y-S--PEQ-K-HRS-S-Q-T-E**GSTVEKTVAPT--S
37%
HfrIgLCI
SEDRKP-VL-----*S-EIDS-W---S---SR-K-GF-RVL-R--DKETD--*-T-G-VSTDS*-QS--L--YLRVPATA--KGSS---S-D-GSL-S-LLKT-SSTA-SD
37%
XlaIgLCS
ND-KPA-FIFK--*D-QVKE-NP-A---I---F-RDLTVT-K--SQDV--SD-K--DFM-ES*-ST--Q--M-T---DK-DKADKFE-L-K-K**TAQLTQSFSK-Q-S
34%
IpuIgLCG
LTQP--TV----SV--Q*QE-V-----AYKGF-SDWRLS-K---SSW---*ESR-SAVLQA*--L--W--T-S-HPEQ-RN-*VV--EASKDN*QP-VVSTVNTEQ-
33%
Ðèñ.
12. Ñðàâíåíèå
àìèíîêèñëîòíûõ
ïîñëåäîâàòåëüíîñòåé
V (À) è Ñ (Á)
îáëàñòåé
L-öåïè ÈÃ
ñòåðëÿäè ñ
ïîñëåäîâàòåëüíîñòÿìè
äðóãèõ âèäîâ
ïîçâîíî÷íûõ.
Äåôèñ
îáîçíà÷àåò
èäåíòè÷íîñòü
â äàííîé
ïîçèöèè.
Çâåçäî÷êà
îáîçíà÷àåò
äåëåöèþ
àìèíîêèñëîòíûõ
îñòàòêîâ.
Ñëåâà
óêàçàíû
ïðîöåíòû
ñõîäñòâà.
Âèäîâûå
îáîçíà÷åíèÿ:
Aru - ñòåðëÿäü, Ipu -
ïåùåðíûé
ñîìèê, Omy -
ðàäóæíàÿ
ôîðåëü, Xla -
øïîðöåâàÿ
ëàãóøêà, Gci - àêóëà-íÿíüêà,
Hu - ÷åëîâåê, Cpl -
ïåñ÷àíàÿ
àêóëà, Hfr - ðàçíîçóáàÿ
àêóëà.
Ðèñ.
13. Ñàóçåðí
áëîò ãèáðèäèçàöèÿ.
Ãåíîìíàÿ
ÄÍÊ áûëà
âûäåëåíà èç ïå÷åíè
è
îáðàáîòàíà
ýíäîíóêëåàçàìè
ðåñòðèêöèè Pst
I Pvu II.
Ãèáðèäèçàöèþ
ïðîâîäèëè â
ìÿãêèõ
óñëîâèÿõ ñ
èñïîëüçîâàíèåì
çîíäîâ,
ãîìîëîãè÷íûõ
VL (à) è CL (á)
ãåííûì
ñåãìåíòàì
L-öåïåé ÈÃ
ñòåðëÿäè. Ñ V-çîíäîì
ãèáðèäèçîâàëîñü
áîëåå 20
ôðàãìåíòîâ
ÄÍÊ, â òî
âðåìÿ êàê ñ
Ñ-çîíäîì
ãèáðèäèçîâàëîñü
òîëüêî 3-4
ôðàãìåíòà.
ÎÁÑÓÆÄÅÍÈÅ
ÐÅÇÓËÜÒÀÒÎÂ
Â
ðåçóëüòàòå
ïðîâåäåííîé
ðàáîòû
èäåíòèôèöèðîâàí
ëîêóñ ãåíîâ,
êîäèðóþùèõ
L-öåïè ÈÃ ñòåðëÿäè,
ïðåäñòàâèòåëÿ
ïîäêëàññà
êîñòíî-õðÿùåâûõ
ðûá.
Ñðàâíèòåëüíûé
àíàëèç
ñòðóêòóðû V
ãåíîâ ýòîãî
ëîêóñà
óêàçûâàåò,
÷òî îí
îòíîñèòñÿ ê
êàïïà òèïó.
Ðåçóëüòàòû
ñðàâíèòåëüíîãî
àíàëèçà Ñ
îáëàñòåé
ìåíåå
èíôîðìàòèâíû,
÷òî ñàìî ïî
ñåáå íå
óäèâèòåëüíî,
òàê êàê
Ñ-ãåíû L-öåïåé
ÈÃ
çíà÷èòåëüíî
ìåíåå êîíñåðâàòèâíû
÷åì V-ãåíû.
Òåì íå ìåíåå,
òîò ôàêò, ÷òî
íà
íóêëåîòèäíîì
óðîâíå Ñ-ãåí
ñòåðëÿäè
èìååò
íàèáîëüøåå
ñõîäñòâî ñ
êàïïà-ïîäîáíûìè
ãåíàìè III
êëàññà
õðÿùåâûõ ðûá,
òàêæå
ñâèäåòåëüñòâóåò
î òîì, ÷òî
îáíàðóæåííûé
ëîêóñ
îòíîñèòñÿ ê
êàïïà òèïó.
Ñòðàíèöû: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17
|
